Την παρέμβαση του υπουργού Δικαιοσύνης, προκάλεσε η  17μηνη καθυστέρηση  της καθαρογραφής της απόφασης του Τριμελούς Εφετείου Κακουργημάτων Πειραιά, για την υπόθεση με το πλοίο «Noor 1», τον Ιούνιο του 2014.

Ο Σταύρος Κοντονής ζήτησε την διενέργεια πειθαρχικής έρευνας προκειμένου να διερευνηθούν τα αίτια της καθυστέρησης , με την επίμαχη απόφαση να εκδίδεται τον Αύγουστο του 2016 και μέχρι σήμερα να μην έχει καθαρογραφεί.
Λίγες ημέρες μετά την έκδοση της, η  εισαγγελέας της έδρας είχε ζητήσει να ασκηθεί έφεση υπέρ του νόμου κρίνοντας  την ετυμηγορία του δικαστηρίου επιεική.
Σύμφωνα με πληροφορίες ο κ.Κοντονής έστειλε σχετικό έγγραφο τοσο στον πρόεδρο όσο και την εισαγγελέα του Αρείου Πάγου ζητώντας να κινηθεί η σχετική πειθαρχική διαδικασία  και να ερευνηθούν τυχόν ευθύνες για την 17μηνη καθυστέρηση.

Σύμφωνα με την απόφαση του Τριμελούς Εφετείου Κακουργημάτων, από τους συνολικά 32 κατηγορουμένους, αθώοι κρίθηκαν οι 17, ενώ ορισμένοι από τους φερόμενους ως πρωταγωνιστές της διακίνησης καταδικάστηκαν για απλή συνέργεια στη μεταφορά των ναρκωτικών . Επιπλέον, το δικαστήριο δεν απέδωσε σε κανέναν από τους διωκόμενους την ιδιότητα του αρχηγού της εγκληματικής οργάνωσης.
Λίγες μέρες μετά ,η εισαγγελέας έδρας του δικαστηρίου κ.Τρουπή  άσκησε Εφεση κατά της απόφασης που καταδίκασε σε ισόβια πέντε άτομα (δύο Έλληνες και τρεις Τούρκους) και σε μικρότερες ποινές άλλους κατηγορούμενους.  Την έφεση συνοδεύει μια 52σέλιδη αιτιολογική έκθεση, σύμφωνα με την οποία οι ποινές που επιβλήθηκαν είναι επιεικείς.
Η έφεση αφορά οκτώ άτομα, μεταξύ των οποίων και τον 42χρονο εφοπλιστή Μάκη Γιαννουσάκη (που είχε καταδικαστεί σε ισόβια) και τέσσερις ακόμα Έλληνες, που είχαν καταδικασθεί ως απλοί συνεργοί.